http://askubuntu.com/questions/203220/can-the-gnome-3-6-notification-area-be-shrinked

GNOME Shell 3.6 では画面下端にマウスカーソルを持って行くと、メッセージトレイが表示されます。オートハイドに設定したドックアプリ(AWN)と併用していると、ドックアプリを操作したいのにメッセージトレイが表示されてしまって、困ります。GNOME Shell 3.6 に対応したGNOME Shell extension が見当たりませんでしたので、GNOME Shell をカスタマイズして、暫定的に画面右下隅をメッセージトレイのホットコーナーにしてみました。

/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
// Time the user needs to leave the mouse on the bottom pixel row to open the tray
//const TRAY_DWELL_TIME = 1000; // ms
const TRAY_DWELL_TIME = 50; // ms
/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
    _checkTrayDwell: function(x, y) {
        let monitor = Main.layoutManager.bottomMonitor;
//      let shouldDwell = (x >= monitor.x && x <= monitor.x + monitor.width &&
        let shouldDwell = (x >= monitor.x && x == monitor.x + monitor.width - 1 &&
                           y == monitor.y + monitor.height - 1);
/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
        this._tween(this._desktopClone, '_desktopCloneState', State.SHOWN,
//                  { y: -this.actor.height,
                    { y: 0,
                      time: ANIMATION_TIME,
                      transition: 'easeOutQuad',
                      onUpdate: Lang.bind(this, this._updateDesktopCloneClip)
                    });

GNOME Shell Extension にして投稿してくれる人がいるといいな。