http://askubuntu.com/questions/203220/can-the-gnome-3-6-notification-area-be-shrinked

GNOME Shell 3.6 では画面下端にマウスカーソルを持って行くと、メッセージトレイが表示されます。オートハイドに設定したドックアプリ(AWN)と併用していると、ドックアプリを操作したいのにメッセージトレイが表示されてしまって、困ります。GNOME Shell 3.6 に対応したGNOME Shell extension が見当たりませんでしたので、GNOME Shell をカスタマイズして、暫定的に画面右下隅をメッセージトレイのホットコーナーにしてみました。

/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
// Time the user needs to leave the mouse on the bottom pixel row to open the tray
//const TRAY_DWELL_TIME = 1000; // ms
const TRAY_DWELL_TIME = 50; // ms
/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
    _checkTrayDwell: function(x, y) {
let monitor = Main.layoutManager.bottomMonitor;
// let shouldDwell = (x >= monitor.x && x <= monitor.x + monitor.width &&
let shouldDwell = (x >= monitor.x && x == monitor.x + monitor.width - 1 &&
y == monitor.y + monitor.height - 1);
/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
        this._tween(this._desktopClone, '_desktopCloneState', State.SHOWN,
// { y: -this.actor.height,
{ y: 0,
time: ANIMATION_TIME,
transition: 'easeOutQuad',
onUpdate: Lang.bind(this, this._updateDesktopCloneClip)
});

GNOME Shell Extension にして投稿してくれる人がいるといいな。